Před samotným kranio ošetřením vede terapeut s klientem rozhovor, aby zjistil klientův stav, fyzické nebo psychické potíže, prožitá traumata či záměr se kterým na terapii přichází. Záleží na klientovi do jaké míry tyto informace chce verbalizovat, není to podmínkou. Poté přichází samotné ošetření na lehátku.

Ošetření probíhá tak, že klient leží v komfortním oblečení na lehátku v pohodlné poloze a terapeut mu dle potřeby a po dohodě přikládá ruce na nebo pod tělo. Zůstává s ním ve velmi lehkém a hranice respektujícím kontaktu. Jednou z podmínek kraniosakrálního ošetření je, že se klient musí cítit bezpečně a pohodlně. Klient se pozvolna v klidu začíná uvolňovat a tím tělo může začít zpracovávat aktuální témata, které si samo určí. Terapeut s klientem spolu během ošetření mohou komunikovat, nebo jsou v tichosti a terapeut skrze naciťování projevů klientova těla pomáhá uvést celý systém do harmonie a zahájit léčivé procesy. Ty se aktivují na všech úrovních – fyzické, psychické, emocionální i spirituální. Během ošetření tak mohou nastat různé druhy pocitů a emocí, jako např. pocity chladu, tepla, brnění, tlaku, houpání, proudění v těle, rozšiřování se do prostoru, ale i naděje, láska, pocit štěstí, pláč, neklid apod. Je dobré se těmto pocitům a emocím nebránit, prožít si je, nechat je dále plynout a případně pustit. V nejlepším případě nic nezadržovat a zároveň nelpět na již prožitém.

Na závěr má klient možnost si ještě chvíli odpočinout a nechat vše pozvolně doznít. Ošetření trvá přibližně 60 až 90 minut